实行“免、抵、退”税管理办法本来是一项促进农产品加工公司发展的政策。但是，目前将农产品收购凭证视为普通发票管理，由经营者自己在收购环节开具的情况相对来说比较严重。农产品收购发票管理存在的问题主要有：

  一是农产品收购发票填开的随意性较大，管理较为混乱。主要体现在：不按规定保管、使用发票，随意拆本使用；私自用其它凭证代替农副产品收购专用发票；虚增农产品收购价格和数量；收购发票开具时间上不规范；不按规定将农产品收购发票开给收购对象等等。

  二是目前对农副产品收购发票的管理，还缺乏一套行之有效的制度，对某些具体操作中的问题还没明确的规定，这都给税务部门的日常管理和日后的调查取证工作增加了难度。

  三是日常稽查不到位，处罚力度不够。对违法开具农产品收购发票的处罚力度不够，对查出的问题往往作少许罚款了事，达不到惩戒的目的。

  加强农产品收购税收管理，堵塞利用农副产品收购专用发票偷逃税款的漏洞，应做到以下几个方面：

  其一，加强对农产品收购发票的管理。税务部门要严控农产品收购发票的领购、使用、缴销。加强发票进项税额申报抵扣环节的管理，建立对农产品供货者的回访调查制度。

  其二，对农产品收购发票的抵扣条件进行限制。首先，应对农产品收购发票进行限量限额供应。其次，农产品收购凭证开具时间与申报抵扣时间要相吻合，对开具和抵扣时间不一致的，不予抵扣。第三，完善纳税人申报抵扣手续。纳税人要同时附送经仓库保管人员签字的农产品入库单、仓库保管账，杜绝无货交易开票行为。

  其三，加大对以农产品为原料的生产企业的纳税评估力度。对账务核算不健全、有不良纳税记录的，或生产所带来的成本较高的企业，进行重点评估。并且要通过税务机关内部的计算机信息网络，做到信息共享，及时有效地发现、纠正和严惩农产品收购环节中出现的问题。